En el altar del Hanal Pixán, cada elemento tiene un significado. Tres de los más importantes son la luz, el agua y la sal.
La luz la ponen las veladoras y el incienso. El fuego es un elemento fundamental del altar. Desde la época prehispánica se conservaba en el copal, una resina de origen mexicano. El incienso purifica el ambiente y traza el camino para las almas que llegan del otro mundo.
El agua representa la vida. Según la tradición, los mayas creían que se podía llegar al Xibalbá, el lugar de descanso eterno, a través de los cenotes, los ríos subterráneos que cruzan la península. En el altar, el agua es parte del camino que siguen los difuntos para volver a casa, y sirve para calmar su sed.
La sal sirve para purificar tanto el altar como las almas que lo visitan. En el altar de tres niveles, tradicional en Yucatán, el vaso de agua va en el segundo nivel junto con un espejo, que ayuda a las ánimas a recordar que ya no están en este mundo. La sal va en el tercero, junto con el incienso, para que las almas no se corrompan al visitar a los vivos.